A Vértesnél jóval magasabbra emelkedő Északi-középhegységben a cseres-tölgyes erdők felett gyertyános-tölgyesekbe, majd bükkösökbe érünk. A Dunántúli-középhegységben, így a Vértesben is a nedves, hűvös klímát kedvelő bükk (Fagus sylvatica) számára már az alacsonyabb területeken is elegendő csapadék hullik évente (a Vértes „magasabb” részein, 400 m-es tengerszint feletti magasság fölött átlagosan több mint 700 mm/év).
Az alacsony középhegységi jellegű, 400–480 m tengerszint feletti magasságú Vértesben a növénytakarónak az éghajlati viszonyok változásával magyarázható magassági övei – erdőssztyepp – cseres-tölgyes – gyertyános-tölgyes – bükkös – nem alakulhatnak ki. Ehelyett azonban jól megfigyelhető a klímaviszonyok horizontális, északnyugat–délkelet irányú változása. A hegység délnyugati részében, a 400 m-t megközelítő vagy annál magasabb tetők erdeit a Gánt – Kápolnapuszta – Szentgyörgyvár-puszta által meghatározott egyenestől nyugatra főleg bükkösök alkotják. E választóvonaltól északkeletre a tetőkön főleg gyertyános-tölgyesek uralkodnak, bükkösökkel inkább csak az északi lejtőkön találkozhatunk. Figyelemre méltóak azonban a régi erdészeti üzemtervi térképek, melyek szerint a 19. század végén a hegység erdeiben a bükk még lényegesen nagyobb szerepet töltött be. Erre utal a turistatérképeken olvasható földrajzi nevek közül is jó néhány, mint pl. Macska-bükk, Bükk-avas, Nagy-bükk, Bödön-bükk. Ezeken a vidékeken ma már legfeljebb csak a hűvösebb északi lejtőkön maradtak fenn az egykor kiterjedt bükkösök hírmondói.
A Vértes növénytakarójának változatosságát igazolja, hogy a már említett szubmediterrán jellegű déli lejtők, illetve az alhavasi, magashegységi növényritkaságokat őrző szurdokvölgyek mellett az atlanti klímahatás nyomai is megfigyelhetők. Részben az Vértes északnyugati része csapadékosabb éghajlatának, részben pedig az ott található homoktakaró kedvező vízellátást biztosító hatásának tulajdoníthatók azok a szép öreg bükkösök, amelyek a Vértes nyugati részén, a Mindszentpuszta – Szentgyörgyvár-puszta – Pátrácos-tető – Pusztakápolna közötti fennsíkon találhatók.
A Vértes legszebb, évszázados öreg bükkösébe – a pátrácosi bükkösbe – Csákberénytől a Horog-völgy kényelmes erdei útja vezet. A Pátrácos nevét a helyenként tömegesen előforduló páfrányról, a közönséges saspáfrányról (Pteridium aquilinum) – népi nevén pátrácról – kapta. Gyakran embermagasságú leveleivel ez a legnagyobb hazai páfrányunk.
A bükkösökben és a gyertyános-tölgyesekben kora tavasszal, mielőtt megindul a lombfakadás, virágszőnyeg borítja a talajt. Az apró, lágy szárú növényeknek sietni kell, mert a fák kilevelesedése után az erdők sűrű lombozatán át már alig jut fény a talajszintre. E kora tavaszi növények föld alatti hagymáik, gumóik tápanyagraktárából merítenek erőt a korai kezdéshez, hogy az éppen eltűnő hó után az avartakarót áttörve nyissák virágaikat. A jól ismert, s a kíméletlen gyűjtés miatt egyre fogyatkozó kikeleti hóvirágot (Galanthus nivalis) követi a sárga virágú bogláros szellőrózsa (Anemone ranunculoides) és a fehér vagy lila virágú odvas keltike (Corydalis cava) virágtömege, valamint az erdei galambvirág (Isopyrum thalictroides) és a sárga tyúktaréj (Gagea lutea) törékeny apró virágai.
Magyarországon csak a Vértes és a Bakony gyertyános és bükkös erdeiben él egy atlanti-mediterrán tájakon elterjedt örökzöld félcserje, a babérboroszlán (Daphne laureola). Közel méterre megnövő hajtásain, a fényes bőrnemű levelek hónaljában ülnek tavasszal az apró, sárgásfehér, négyszirmú virágok. A legnedvesebb talajú, sziklatörmelékes bükkösök kora tavaszi növénye a bókoló fogasír (Cardamine enneaphyllos), mely magyar nevét (fogasír) onnan kapta, hogy föld alatti, vízszintesen kúszó gyöktörzsén – mely hajdan „gyógyír” volt sokféle betegség (főként tüdővész és skorbut) ellen – fogacskákra emlékeztető képződmények vannak.
Mindszentpuszta környékén ma már csak a Ciklámen-völgy neve őrzi egy Nyugat-Magyarországon gyakori növényritkaság emlékét. Az erdei ciklámen (Cyclamen purpurascens) pár éve még szép számmal élt a Vértes egyik rejtett völgyében. Eredeti őshonosságát kétségbe vonják, hiszen a közelben, Mindszentpusztán a feltételezések szerint egykor szerzeteskolostor működött, s mivel a közelben másutt vadon nem fordult elő, feltételezhető, hogy onnan vadulhatott ki (e kolostor – vagy egykori vár, építmény – nyomait 2014 őszén Viszló Levente találta meg).
A bükkösök számára kedvező klímáról azonban továbbra is tanúskodik a két szív alakú leveléről és parányi fehér virágfürtjéről könnyen felismerhető kétlevelű árnyékvirág (Maianthemum bifolium), valamint a Dél- és a Nyugat-Dunántúl üde talajú erdeiben élő magyar varfű (Knautia drymeia). Ritkaság az eddig a Vértesből csak Vitányvár közeléből előkerült medvehagyma (Allium ursinum), mely nálunk főleg a Dél-Dunántúlon elterjedt.
Az erdei aljnövényzet gyakori fajai közül sokfelé találkozhatunk a bükksással (Carex pilosa). Áttelelő leveleinek széle – különösen a fény felé fordítva – jól láthatóan pillás szőrű. Helyenként tömeges, kisebb-nagyobb foltokat, telepeket alkot a szagos müge (Galium odoratum), amely apró fehér virágairól, örvösen álló leveleiről könnyedén felismerhető. Kumarintartalmú leveleit dohányillatosításra, illetve egy különleges pálinkaféle – a „Waldmeister”, azaz erdőmester – ízesítésére használták. Fényes, bőrnemű, vese alakú leveleivel tűnik fel a kereklevelű kapotnyak (Asarum europaeum). Szennyes ibolyaszínű virágai az avarrétegbe rejtve nyílnak, megporzásukat és magjaik terjesztését hangyák végzik. Az 1578-ban megjelent első magyar nyelvű gyógyfüves könyv, a Herbarium – mely Melius Juhász Péter munkája – még fontos gyógynövényként említi. Sok más egyéb mellett azt írja, hogy gyökerének főzete „kígyónak, dühös ebnek marása ellen jó”, leveleinek lúgos főzete, mint borogató szer „ha fejedre kötöd, szédelgést elűz, ember elméjét, eszét újítja”. Eszünkbe ne jusson kipróbálni! Ma már tudjuk, hogy mérgező hatóanyagai vesegyulladást, sőt halált is okozhatnak!
Főleg a hegység északkeleti részében, a legüdébb talajú bükkösökben különleges virág az erdei nebáncsvirág (Impatiens noli-tangere), mely nevét onnan kapta, hogy beérett termései érintésre hirtelen felpattannak, s magjaikat messze repítik.
Az erdei nyiladékok szélén gyakori gyom a hazai flóra egyik legmérgezőbb növénye, a maszlagos nadragulya (Atropa belladonna). Hatóanyaga – az atropin – a szemészeti vizsgálatok során a pupilla tágítására használatos gyógyszernek az alapanyaga. Ez a felhasználási terület nem a mai kor találmánya. Az ókori rómaiak idején a szép nők (szép asszony – bella donna) elmaradhatatlan hódító kelléke volt a tág pupilla, s erre a szépítő célra már több ezer éve használták a növény kivonatát. Fekete bogyói – melyeket főleg a gyerekeket szedernek nézhetnek – súlyos veszélyt hordoznak, sőt akár halálos kimenetelű mérgezést is okozhatnak.
A Vértesben a bükkösök területének csökkenése, a bükkös állományok „kiöregedése” arra enged következtetni, hogy ez az atlanti klímát kedvelő erdőalkotó fafaj már itt ökológiai tűrőképességének határán van. Bizonyára ez lehet a magyarázata annak is, hogy itt a bükk természetes úton nehezen újul. Jó makktermés csak 10-15 évenként következik be, a csíranövények megmaradása pedig a szeszélyes időjárás és az egyre gyakrabban ismétlődő aszályos nyarak miatt is kétséges. Az erdőtörténeti reliktum állományok megőrzése botanikai, erdészeti és esztétikai, jóléti szempontból egyaránt fontos – bár nem éppen nehézségektől mentes – feladat.