Az északra néző meredek dolomitsziklás lejtőkön merőben más kép fogadja a növénytakarót megismerni kívánó természetjárót, mint amilyet a déli fekvésű kopárokon megismert. Jóllehet pár száz méterrel arrébb még napperzselte törmeléklejtőn ereszkedtünk le a völgybe, az északi lejtőkön felfelé kapaszkodva a kellemesen hűvös légáramlatok a magashegységeket juttatják eszünkbe. Az árnyas sziklalejtőket az azokat délben is csak éppen hogy súroló napsugarak kevéssé melegítik fel, s a mohapárnák még a legforróbb nyárban is sokáig megőrzik a nedvességet.
A Vértes növény- és állattani szempontból egyaránt érdekes területei a hűvös klímájú szurdokvölgyek. Különös figyelmet érdemel ezek között is a Vérteskozma közelében kanyargó Fáni-völgy.
Meredek, dolomitsziklákkal díszített lejtői már tájképi szépségüknél fogva is feltétlen figyelmet érdemelnek. A Vértesben egyedülálló, de az egész országban is figyelemre méltó legfőbb értékeit azonban botanikai nevezetességei jelentik. A szűk szurdokvölgy meredek lejtőin a déli szubmediterrán és a hűvös hegyvidéki flóra képviselői találkoznak egymással.
Az északra, északkeletre néző meredek, törmelékes lejtőket zárt dolomitsziklagyepek borítják. Gyakori pázsitfüvük a déli lejtőkről már megismert deres csenkesz (Festuca pallens) mellett a magyar rozsnok (Bromus pannonicus) és a magashegységi réteken elterjedt tarka nádtippan (Calamagrostis varia). Ezek a gyepek még nyári szárazság idején is üde zöldek maradnak.
Tavasz végén rózsaszín virágainak pompás illata már messziről elárulja a füvek közt megbúvó törpecserje. a henye boroszlán (Daphne cneorum) jelenlétét. A hegyi hagyma (Allium lusitanicum) lila virággömbjei és a kardos peremizs (Inula ensifolia) sárga fészkes virágzatai tarkítják a gyepet.
A kellemesen hűvös helyi klímaviszonyokkal magyarázható, hogy alig 200-300 m-es tengerszint feletti magasságban több alhavasi, magashegységi elterjedésű növényfaj talált itt napjainkig menedéket. Április elején virágpompával fogad bennünket a kellemesen illatos sárga virágú cifra kankalin (Primula auricula subsp. hungarica). Medvefül kankalinnak is nevezik, mert levélrózsában álló, mirigyszőrös, pozsgás leveleinek alakját a medvefülhöz vélik hasonlónak. Az Alpokban honostól eltérő tulajdonságú alfajnak tekintik a Kárpát-medencében, illetve az Északi- és a Déli-Kárpátok mészkőhegységeinek alhavasi gyepjeiben, 1500–2000 m tengerszint feletti magasságban élő állományait. A Dunántúli-középhegység néhány pontján (Keszthelyi-hegység, Bakony, Vértes) mint jégkorszaki maradványnövény (reliktum) fordul elő. Az Alpokban élő alfajtól csak nagyon kis – és nem is mindig egyértelmű – különbségek választják el, például a hazai alfaj levelei – ellentétben az Alpokban élőkével – sohasem lisztes bevonatúak. E havasi növény számára még középhegységünk leghűvösebb zugai is az ökológiai tűrőképesség határát jelentik. Évente töveinek csak 30-40%-a hoz virágot, s közülük is csak kevésen érik be a termés.
A nyaktörő, omladozó sziklafalakat a kirándulók ugyan elkerülik, de az azokon élő növényvilágra nagy veszélyt jelent, hogy a jó pár évtizede Korzikáról Magyarországra is többfelé betelepített muflonoknak (Ovis aries musimon) éppen ezek a kedvelt tartózkodási helyei. Márpedig e meredek hegyoldalakon élő gyepek számára nincs nagyobb veszedelem a kecskéknél és a juhoknál (ideértve természetesen a muflont is). Amit nem legelnek le, abban éles patáikkal tesznek kárt.
Ezeknek a zárt dolomitsziklagyepeknek a ritkasága a szürkészöld leveleiről elnevezett lila virágzatú szürke bogáncs (Carduus crassifolius subsp. glaucus). A Keleti-Alpok és a Kárpátok növénye, mely nálunk szintén a jégkorszak emlékét őrzi. Apró termetű, pillangósvirágú, szintén szürkészöld levelű növény a terpedt koronafürt (Coronilla vaginalis), mely az Alpoktól a Balkán-félszigetig a dolomitsziklák lakója. Valószínűleg szintén a jégkorszak tanúja egy másik pillangósvirágú növényünk is, az Alpokban és a Kárpátokban egyaránt gyakori havasi nyúlszapuka (Anthyllis vulneraria subsp. alpestris). A magasabb hegyvidékek gyepjeinek növénye a keserű pacsirtafű (Polygala amara), az osztrák galaj (Galium austriacum) és a gombos varjúköröm (Phyteuma orbiculare), valamint a pápaszemes korongpár (Biscutella laevigata), melynek termései parányi szemüvegre emlékeztetnek (innen az elnevezés). A mindig nedves mohapárnákban számos magashegységi, sőt alhavasi, havasi, sarkvidéki moha is él.
Akik jártak már magashegységekben, s megcsodálták a havasi gyepek virágpompáját, azok azt is tudják, hogy az ott élő növények különösen fényigényesek. Vajon hogyan képzelhető el, hogy az utolsó jégkorszak óta eltelt több mint 10 000 év alatt a klíma- és az azzal együtt járó vegetációváltozások során ezek a kis gyepszigetek mindmáig megmaradhattak? A magyarázat jórészt az alapkőzetben rejlik, s „dolomitjelenségként” emlegetik a szakemberek. A dolomit – ellentétben a mészkővel – nem kémiailag mállik, hanem fizikailag aprózódik. A kőzet hajszálrepedéseibe szivárgó víz megfagyva, kitágulva állandóan repeszti, darabolja azt. Jól tudja minden sziklamászó, hogy milyen a biztos, szilárd támasztékot nyújtó mészkő sziklakiugrókba kapaszkodva közelíteni a csúcs felé, és milyen az, amikor az egységesnek hitt dolomitsziklafalból minduntalan kisebb-nagyobb, ökölnyi vagy éppen fejnagyságú, éles törési felületű szikladarabok lazulnak ki vagy maradnak a kapaszkodó kezében. A dolomitból álló hegységek meredek, sziklás lejtőin az állandóan aprózódó, folyton lefelé gördülő kőzettörmeléken még a mainál kedvezőbb klímában sem tudtak kialakulni magasabb szervezettségű növénytársulások (erdők), s ezért válhattak ezek a termőhelyek – mint a glaciális időszakok óta megmaradt füves területek – fontos reliktumok őrzőivé.
A sziklák alatt felhalmozódó kőzettörmeléken, e sekély, de humuszban gazdag termőtalajon viszont különleges erdő jött létre.
A hűvös, nedves éghajlatot kedvelő bükk (Fagus sylvatica) és a szárazságtűrő, melegkedvelő virágos kőris (Fraxinus ornus) együttesen alkotja itt az elegyes karszterdőt. A fák alig nőnek magasabbra a nagyobb termetű cserjéknél. Gyakori a lisztes (Sorbus aria) és a barkócaberkenye (S. torminalis), valamint ezeknek sok közeli rokon, hibrid eredetű faja, melyek megkülönböztetése még a szakemberek számára sem könnyű. Tíznél is több – egymáshoz nagyon hasonló fajuk – él a Vértes sziklás hegyoldalain, szűk szurdokvölgyeiben, a meredek lejtőknek többnyire a felső harmadában. Felismerésüket nehezíti, hogy a fajok egymástól csak nagyon kis mértékben, kevés tulajdonságban különböznek. A Vértes szeszélyesen tagolt, gerincekkel, völgyekkel szabdalt felszíne – és ennek megfelelően változó mikroklímája – kedvezett a berkenyepopulációk egymástól való elszigetelődésének s azok fennmaradásának. Boros Ádám és Kárpáti Zoltán (dendrológus, a Kertészeti Egyetem egykori professzora) jó néhány berkenyefajt talált, melyek kizárólag a Vértes bennszülött növényei. Ezek közül Boros szerint gyakori a Degen-berkenye (Sorbus degenii), a széleslevelű berkenye (S. pseudolatifolia), a vértesi berkenye (S. vertesensis), a csákberényi berkenye (S. pseudovertesensis), jóval ritkább – eddig csak Csákberény és Csákvár közeléből került elő – a budai berkenye (S. semiincisa), a Kárpáti-berkenye (S. karpatii), a Simonkai-berkenye (S. simonkaiana), a Boros-berkenye (S. borosiana) és az Ádám-berkenye (S. adamii). Felismerésükhöz virágzó vagy terméses hajtásokra van szükség. A levél molyhossága, a levélerek száma, a levél szélének karéjossága, fogazata, a termések színe és formája alapján igazodhatunk el közöttük.
Jóval kevesebb gondot jelent a többi cserjefaj felismerése. Ilyen pl. a csíkos (Euonymus europaeus) és a bibircses kecskerágó (E. verrucosus). Magyar nevük onnan ered, hogy az egyiknek a kérgén hosszú csíkokban, míg a másikén bibircsek formájában jelennek meg a paraképződmények.
A lágyszárúak között jellegzetes a vékony, szálas levelű fehér sás (Carex alba). A magashegységek növénye a mohos csitri (Moehringia muscosa), megjelenésében – miként a neve is arra utal – a mohákra emlékeztet. Parányi fehér virágai azért elárulják, hogy nem moha, hanem a szegfűfélék közé tartozik.
Helyenként – bár a bázikus alapkőzeten ez ritkaság – a talaj savanyúságát jelző növényekre is bukkanhatunk. Ilyen pl. a Csókakő környékén lévő elegyes karszterdőben élő fehér perjeszittyó (Luzula luzuloides).
A szűk szurdokvölgyekben – bár a patakok hiányoznak – még a legnagyobb kánikula idején is kellemes, enyhülést adó, hűvös levegő fogadja az erdőt járót. A sűrűn záródó lombkoronaszint csak kevés fényt enged át. A humuszban gazdag lejtőhordalék-talajon a fák magasra nőnek, gyakran megközelítik a 30 m-t is. A bükk (Fagus sylvatica) mellett e szurdokerdők jellemző fái a hegyi juhar (Acer pseudoplatanus), a hegyi szil (Ulmus glabra) és a nagylevelű hárs (Tilia platyphyllos). Ahol a lombkoronaszint természetes vagy mesterséges okok miatt lazább, pl. amikor nagyobb vihar után kidől egy-egy faóriás, az aljnövényzetben tömegesen elszaporodik és versenyre indul a napsugarakért a fényigényes magas kőris (Fraxinus excelsior) sok ezer kis magonca.
Cserjékkel itt ritkábban találkozunk. Leggyakoribb itt a nitrogénben gazdag talajt jelző fekete bodza (Sambucus nigra) vagy a mogyorós hólyagfa (Staphylea pinnata). A fákra is felfutó, elfásodó szárú kúszónövény, az erdei iszalag (Clematis vitalba) helyenként sűrű szövevényt alkot.
A sziklagörgeteges lejtőkön kiemelkedő nagyobb dolomittömbök ritka növénye a gímpáfrány (Asplenium scolopendrium). A Vértesben csak néhány tő él belőle (a bakonyi Cuha-völgyben és a Bükk szurdokvölgyeiben valamivel gyakoribb). Hazánkban ez az egyetlen osztatlan levéllemezű páfrányféle, leveleinek alakja a szarvas nyelvére emlékeztet, innen a magyar neve.
A Fáni-völgy szikláinak igazi ritkasága szintén egy páfrány, az apró termetű forrásfodorka (Asplenium fontanum). Jávorka Sándor 1925-ben megjelent híres munkája (Magyar flóra) is csak egyetlen helyről – a vértesi Fáni-völgyből – említi az ország mai területéről. Hosszú évtizedekig senki sem találta, közelmúltban ismét előkerült.
A szurdokerdők kőzettörmelékkel borított talaján többnyire dús az aljnövényzet. A méter magasra megnövő közönséges falgyom (Parietaria officinalis) a csalánfélék ártalmatlan rokona, amely épp úgy a tápanyagban, különösen a nitrogénben gazdag talajt jelzi, mint a nagy csalán (Urtica dioica), a szemölcsgyógyító, narancssárga tejnedvet termelő vérehulló fecskefű (Chelidonium majus) vagy az erdei turbolya (Anthriscus sylvestris). Már a taposás nyomán is kellemetlen szagot áraszt az apró rózsaszín virágú, tenyeresen szeldelt levelű nehézszagú gólyaorr (Geranium robertianum). A svéd természettudós, Karl Linné, az élővilág rendszerezésének atyja egy Robert keresztnevű, általa nem éppen kedvelt ismerőséről nevezte el – nem véletlenül – robertianumnak.
A legnedvesebb talajú szurdokerő-állományok lágy szárú növényei közül tömeges a sárga virágú enyves zsálya (Salvia glutinosa), és jellemző e területekre az ernyős virágzatú podagrafű (Aegopodium podagraria), valamint a virágüzletekből jól ismert flamingóvirággal és a kálával egy növénycsaládba tartozó, de azoknál szerényebb hazai faj, a foltos kontyvirág (Arum maculatum). Az európai pézsmaboglár (Adoxa moschatellina) rokontalan a magyar flórában, zöldes színű, ötösével álló apró virágai úgy helyezkednek el, mintha egy parányi kocka lapjait képeznék. Kerti dísznövénynek is beillenének a kék virágú közönséges harangláb (Aquilegia vulgaris) és az erősen mérgező farkasölő sisakvirág (Aconitum vulparia).
Jó pár évtizeddel ezelőtt még tömegesen élt a Vértes szurdokerdeiben az évelő holdviola (Lunaria rediviva), melynek hártyás, áttetsző termésválaszfala érés után is a száron marad, s tetszetős alakja miatt a szárazvirág-kötészetben kedvelik. Állománya jórészt egy útépítés áldozata lett.
A szűk völgyek aljából felfelé haladva, többnyire a lejtők felső harmadában, a szurdokerdőket gyakran a sok hársról elnevezett hársas törmeléklejtő-erdők váltják fel. Ezekben az erdőkben már a szurdokerdőknél valamivel szárazabb klímaviszonyok uralkodnak. Míg az erdőalkotó fajok többsége nedvességkedvelő, páraigényes, addig a lágy szárú növények között kifejezetten szárazságtűrők is találhatók.
A nagylevelű hárs (Tilia platyphyllos) törzsei sokszor ún. sarjcsokrokat alkotnak, mivel az egykor kivágott törzsek tuskóiból több törzs is sarjad. A sekély, sziklás talajon, szinte a talaj felületét borító gyökérzetükkel kapaszkodnak meg a meredek, görgeteges lejtőkön. Sok a magas kőris (Fraxinus excelsior), a hegyi (Acer pseudoplatanus) és a korai juhar (A. platanoides). A hegyi juhar a törzséről leváló kéregdarabok alakja, a korai juhar pedig levelének formája miatt emlékeztet a parkjainkból ismert platánfákra (erre utalnak latin neveik is).
Az erdei iszalag (Clematis vitalba) itt talán még gyakoribb, mint a szurdokerdőkben. A cserjék között sok a húsos som (Cornus mas), melynek ősszel érő savanykás, húsos termése embernek, állatnak vitaminban gazdag erdei gyümölcse. A forgalomtól félreeső szűk völgyek hársas törmeléklejtő-erdői, azok sűrű cserjései jó búvóhelyet adnak az erdők nagyvadjainak.
Az örökzöld közönséges borostyán (Hedera helix), melynek erdeinkben többnyire csak a földön kúszó hajtásait látjuk, itt a fákra is felkapaszkodik. Míg a földön fekvő meddő hajtások levelei három- vagy ötkaréjúak, addig a fákon magasra törő hajtások levelei egészen mások, épek, az orgonáéra emlékeztetnek, és ezek a – jobb megvilágításhoz jutó – hajtásai virágot és termést is hoznak.
A kőtörmelékes talajt helyenként az erdei szélfű (Mercurialis perennis) kiterjedt foltjai borítják. E faj a kutyatejfélék családjának képviselője, de egy lényeges tulajdonságban eltér rokonaitól: hajtásai nem tartalmaznak fehér tejnedvet. Szárazabb helyeken tömeges a tölgyesekben is előforduló zöldvirágú bajuszoskásafű (Piptatherum virescens). Jellemző a tavaszi kankalin (Primula veris), és a Vértesben leginkább ezekben az erdőkben nő a nagy cickafark (Achillea distans). Ugyancsak itt találkozhatunk leggyakrabban egy ajakos virágú jellegzetes növénnyel, a bozontos csukókával (Scutellaria columnae).
A hársas erdők ritkasága a dárdás vesepáfrány (Polystichum lonchitis), a csókakői Vár-völgy mészkövén pedig a zöld fodorka (Asplenium viride). Mindkettő az egész északi félgömbön elterjedt, de leginkább csak magashegységekben élnek.