A Közalapítvány jogelődje, a Pro Vértes Természetvédelmi Alapítvány 1991-ben jött létre a Vértesben és környékén jelentkező természetvédelmi feladatok non-profit keretek között történő megoldására. 1994-ben alakult át közalapítvánnyá, 1998 óta pedig kiemelten közhasznú szervezetként működik. A Pro Vértes Nonprofit Zrt. pedig 2009-ben alakult.