A talaj kémhatása, kitettsége, vízháztartása, tápanyagtartalma a gombák számára igen fontos adottságok. Sok gombafaj a savas (savanyú) kémhatású talajokat kedveli. A Vértesben jellemzőek a meszes vagy dolomitos kőzeten kialakult talajok, amelyek alapvetően lúgos kémhatásúak. Ennek ellenére a meredek völgyoldalakon lezúduló csapadék a felső talajrétegekből kimoshatja az ásványi anyagokat, ami az idős fák kérgéből hozzámosott csersavval együtt a fák körüli kisavanyodást eredményez. Ezt szárazabb időben is jól jelzik a csillag alakú szőrmohák (Polytrichastrum sp.), a páfrányok és egyes perjefajok, pl. a fehér perjeszittyó (Luzula luzuloides). Kizárólag savanyú talajon él a legismertebb gomba, a légyölő galóca (Amanita muscaria). Fehéren pettyes piros kalapjai az őszi vértesi erdő ritka, gyönyörű látványosságai. Szintén csak savanyú talajú erdőkben él a sárga rókagomba (Cantharellus cibarius) is, amely közkedvelt étkezési gomba, sajnos a Vértesben csak kevés helyen található, és ott sem sok. Számos olyan gombafaj is létezik, amelyek a nitrogénben feldúsult talajt kedvelik, pl. az óriáspöfeteg (Calvatia gigantea), a nagy őzlábgomba (Macrolepiota procera), és ilyen a legtöbb csiperkefaj (Agaricus spp.) is.

A klíma és a felszínt érő csapadék mennyisége és eloszlása is lényeges kérdés. A gombák alapvetően a nedves környezetet kedvelik, azonban több fajuk szárazságtűrő, és a gyorsan kiszáradó homoki gyepekben, dolomitsziklagyepeken él. E területek zöme természetvédelmi szempontból igen értékes, így ezek a gombák jelenlétükkel jól jelzik élőhelyük természetességi állapotát. Ilyen fontos indikátorfajok pl. a nyelespöfetegek (Tulostoma sp.) és egyes csillaggombák (Geastrum sp.), amelyek a szárazság ellen úgy védekeznek, hogy micéliumaik (gombafonalaik) sűrű, vattaszerű tömege a homok- és talajszemcséket körülnövi, így az utolsó vízmolekulákat is képes felvenni. Érdekes megfigyelés, hogy elégtelen csapadék esetén sokáig (akár 6–8 évig) kimarad egyes gombafajok termőtestképzése. A gomba ettől még él a talajban, de csak olyan évben hoz termőtestet, amely számára ehhez megfelelő. Egy-egy élőhely a csapadékos években (pl. 2010, 2014) mutatja meg igazán a fajkészletét. A túlzott talajnedvesség azonban ugyanúgy hátrányos a gombákra nézve, mint a szárazság, ugyanis a vízzel telítődött talajban nincs elég levegő ahhoz, hogy a gombafonalak lélegezni tudjanak. Megfigyelhetjük például, hogy mocsaras, vízjárásos helyeken alig találhatunk gombát.

Egy élőhely növényzete igen markánsan meghatározza a gombavilágot. Valójában az előzőekben tárgyalt két tényezőből (talaj és klíma) már eléggé szorosan következik a terület növényfaj-összetétele. A növény–gomba együttélések számos faj esetén specializáltak, azaz sok olyan gombafaj van, ami valamely növényhez hűen kötődik. Jó példa erre a védett éger-tinóru (Gyrodon lividus), amely kizárólag égerek (Alnus sp.) gyökereivel képes együtt élni, így a Pusztavám melletti védett Csuka-tó égerei alatt található meg. Vagy ha pl. egy Csákberény feletti tölgyesben sétálva szemcsésnyelű fenyőtinórut (Suillus granulatus) találunk, de nyoma sincs tűlevélnek vagy toboznak, akkor bizony jobban körül kell néznünk, mert lehetetlen, hogy 20 m-es körzetben ne legyen erdei- (Pinus sylvestris) vagy feketefenyő (P. nigra). A hegylábi legelőkön élő legelőgyom, a mezei iringó (Eryngium campestre) tövénél gyakran találhatunk ördögszekér laskagombát (Pleurotus eryngii), mivel e faj az ősszel elszáradó iringó gyökérkorhadékán él.

E három fő tényező (talaj, víz, növényzet) együttesen adják meg egy terület gombavilágának kontúrjait. A területi megoszlás mellett a gombafajok termőtestképzésének időbeni sorrendje is jellegzetes. Vannak közismerten tavaszi gombák, pl. a cseh kucsmagomba (Verpa bohemica) rendszerint április elején terem, míg az ízletes kucsmagomba (Morchella esculenta) csak április–májusban nő. Tipikus nyári fajok a tinórufélék, pl. a nyári vargánya (Boletus reticulatus), amely a májusi esők után, Orbán-nap tájékán már megjelenik. Kizárólag késő ősszel és télen találjuk viszont a késői laskagombát (Pleurotus ostreatus) és a téli fülőkét (Flammulina velutipes). Ehhez az időbeliséghez (fenologikus rendszerhez) számos népi megfigyelés is társul, amelyek sokszor nagyon találóak és meglepően jól használhatók. A cseh kucsmagomba megjelenése például rendszerint a kökény virágzásakor van, míg az ízletes kucsmagomba „szezonja” szorosan kötődik az alma virágzásának idejéhez. A májusi pereszke (Calocybe gambosa) – népi nevén szentgyörgygomba – április végén (a néphagyomány szerint április 24., azaz Szent György-nap táján) jelenik meg. A tövisaljagomba (Entoloma clypeatum) a szilvavirágzáskor terem, kizárólag rózsafélék – galagonya (Crataegus sp.), kökény (Prunus spinosa), vadrózsa (Rosa sp.), vadcseresznye (Cerasus sp.) – alatt. A szürke tölcsérgombát (Clitocybe nebularis) viszont csak a lombhullás megkezdődése után találjuk.