A Pro Vértes legrégebben elkezdett programja a madárvédelem, mely elsősorban a veszélyeztetett, fokozottan védett ragadozó madarak parlagi sas (Aquila heliaca), kerecsensólyom (Falco cherrung) állományának  megmentését tűzte ki célul. Erőfeszítéseink sikerességének bizonyítéka, hogy a madarak állománya napjainkra stabilizálódott a térségben, sőt több új fokozottan védett faj is megjelent fészkelőként, mint a rétisas (Haliaeetus albicilla) és a vándorsólyom (Falco peregrinus). Alkalmazott módszereink között fészekőrzések, téli madáretetések, illetve műfészkek építése szerepelnek. 2006-tól alapítványunk részt vett a Kerecsensólyom védelme a Kárpát-medencében elnevezésű LIFE programban, amely a világszerte veszélyeztetett fajnak a Kárpát- medencében élő – magyar és szlovák populációjának a megerősítését tűzte ki célul.
E speciális feladatok mellett a társadalom széles rétegei számára népszerűsítjük a madárvédelem ügyén keresztül a természet megóvására irányuló erőfeszítéseket. Hosszú évek alatt a társadalom legkülönbözőbb korosztályaiból álló téli madáretető hálózatot építettünk ki. 
A leglátványosabb és legtöbb érdeklődőt vonzó fajvédelmi akcióink a kerecsensólymok és a nagyméretű sasfajok védelmére szervezett fészekőrzések voltak. Ezek közvetlen eredménye nemcsak a térségben fészkelő madarak számának örvendetes növekedése volt, hanem számos fiatal középiskolás és egyetemista került általuk közvetlen kapcsolatba a természettel, illetve a legkülönbözőbb természetvédelmi tevékenységekkel. A madárvédelmi tevékenység keretén belül műfészkeket is kihelyeztünk sasok, sólymok, baglyok és énekes madarak számára. Ez azért fontos, mert a műfészkekkel olyan területen segíthetjük elő a madarak fészkelését, ahol biztosítható sikeres szaporodásuk. Az odúlakó énekes madarak számára is fontosak a mesterséges odúk, melyek elősegítik egyes megritkult fajok szalakóta (Coracias garrulus), búbosbanka (Upupa epops) állományának növekedését, valamint mérséklik az odvas fák eltűnése miatti fészkelőhely hiányt.