Az Új Széchenyi Terv Környezet és Energia Operatív Program (KEOP) „Élőhelyvédelem, -helyreállítás, élettelen természeti értékek védelme, vonalas létesítmények természetkárosító hatásának mérséklése” tárgyú konstrukció támogatásával megvalósítani kívánt rekonstrukciós beruházások e speciális élőhelyek helyreállítását célozzák.
A Pro Vértes Közalapítvány és a Közép-dunántúli Vízügyi Igazgatóság által beadott "Élőhely-rekonstrukciós beruházások a Vértesi Natúrparkban II." című projekt finanszírozása az Európai Unió Kohéziós Alapból és hazai központi költségvetésből történik vissza nem térítendő támogatás formájában.

A Zámolyi-medence a Vértes hegység változatos morfológiájú vonulatának déli előterében helyezkedik el. A medence közepén létesített zámolyi víztározót 1971-ben a Pátkai tározóval együtt helyezték üzembe. Kialakításuk elsődleges célja az ország második legnagyobb természetes tavának, a Velencei-tó vízszintjének szabályozása volt. A tározóban vissza lehet tartani a vízbő időszakok felesleges vizeit, csökkenthetők az árhullámok, ezzel elkerülhető a Velencei-tó túltöltődése, illetve nyáron a tározott víz leeresztésével mérsékelhető a tóban keletkező vízhiány. A tározó jelenlegi állapotában azonban nem tudja biztosítani a rajta áthaladó víz szennyeződésének maradéktalan ülepítését, szűrését, és ártalmatlanítását. Továbbá a tározó üzemeltetése során jelenleg nem biztosíthatók maradéktalanul a természetvédelmi szempontok, ezért a mesterséges tavon megtelepedő védett és fokozottan védett, ill. közösségi jelentőségű fajok a vízingadozások következtében gyakran károsodnak, fészkeik, vagy fiókáik elpusztulhatnak. A tervezett beruházások ezeknek a problémáknak az enyhítését célozzák. A projekt legfőbb célkitűzése, hogy a Zámolyi-medencében korábban megvalósított, a természetvédelmi szempontokat többnyire nélkülöző korábbi élőhely-átalakító beruházásokat (víztározó, erdősítések) az Európai Unió természetvédelmi célkitűzéseivel összhangba hozza, azaz jobb ökológiai állapot alakuljon ki.
A projekttől az alábbi főbb eredményeket várjuk el:

• A Zámolyi-tározó osztógátjának megépítésével a felső részéből történő víz leeresztés lassításával stabilizálható a védett növény és állatfajok állománya, javul a terület ökológiai állapota. A területről történő lassú vízleeresztés, az élővilág természetes életciklusához alkalmazkodik, és az így kialakuló kedvező állapotú élőhely biztosítja az élőlények szaporodó és táplálkozó helyét, emiatt a biodiverzitás növekszik.
• A felső tározótér lassú és időszakos teljes leürítése lehetővé teszi, hogy természetvédelmi kezeléssel, (legeltetés, kaszálás, nádvágás), a képződött biomassza tömeg eltávolítható legyen a területről, így a természetes szervesanyag felhalmozódás, az eutrofizáció lassítható. 
• A megépülő osztógát csökkenti a Zámolyi-tározó nagy völgyzárógátját érintő romboló hullámzást.
• ​ A Császár-víz bal parti depóniájából történő részbeni mederfeltöltéssel megszűnik a környező területekre gyakorolt erős szívó hatás, a sekélyebb meder legeltetésre, ill. a térségre jellemző növény és állatfajok megtelepedésére alkalmasabbá válik.
• ​ A meliorációs árkok betöltésével megszűnik azok szárító hatása is, ezáltal a kialakuló üdébb élőhelymozaikok változatos növény és állatvilágának köszönhetően növekszik a biodiverzitás, és azok a továbbiakban már nem gátolják a speciális élőhelyfenntartó természetgazdálkodási tevékenységet sem. 
• ​A Kenderesi-árok és a Burján-víz alsó szakaszának jó állapotba helyezésével a lefolyás biztosítható.
• ​A sikertelen erdőtelepítések rehabilitációjával a terület természeti értéke jelentősen növekszik, és egyúttal megvalósíthatóvá válik a természetvédelmi kezelés is.

 A tervezett ismeretterjesztő tevékenységek a természetvédelmi munka társadalmi ismertségét és elismertségét fokozzák. A természeti értékek védelme iránti elkötelezettség, a társadalmi tudatosság szintje emelkedik.
2012. augusztus 24. került sor a "Élőhely-rekonstrukciós beruházások a Vértesi Natúrparkban II." című projekt előkészítő szakaszára vonatkozó támogatási szerződés aláírására.