A vértesi extrazonális bükkösök gombákban rendkívül fajgazdagok, a sok gombafaj több helyen rezervátum értékű erdőket jelez. A tavaszi aspektus egyik érdekes faja az élősdi csészegomba (Dumontinia tuberosa), amely az erdők alját ilyenkor sűrűn beborító lágyszárú növényeken élősködik, főként a berki szellőrózsa (Anemone nemorosa) gyöktörzsén. 1–2 cm átmérőjű barna csészéi hosszú nyélen ülnek, a talajban mélyen gyökerezve szívófonalaikkal a gazdanövény gyöktörzsét hálózzák be. A bükk lombozatának záródása után a gomba a talajban lévő feketés színű, kemény kitartóképletébe (szklerócium) húzódik vissza, amelyből a következő tavasszal újra kinő. A szubmontán bükkösök jellemző faja, a hazánkban ritka bükki álfülőke (Hydropus subalpinus) hűvös, nyirkos mikroklímájú helyeken él. Az öreg bükkök ún. gyengültségi parazitája a bükkfa-tapló (Fomes fomentarius), amelyet korábban veszedelmes erdőgazdasági kártevőnek tartottak. A valóságban azonban természetes és fontos szerepet játszik az egészséges erdő egyensúlyában, amelyhez hozzátartozik a jelentős holtfamennyiség és az azt lebontó élőlények is. A „káros” taplófaj az öreg bükköt (Fagus sylvatica) legyengíti, fáját puhábbá teszi, ami elősegíti a harkályfajok (Picidae) odúkészítését. Az odúkban később számos madár- és denevérfaj tud megtelepedni. A fát azután tovább korhasztja, gyengíti, az hamarosan egy viharban megroppan és kidől. A földön fekvő fatörzs már sokkal több élőlénynek ad pótolhatatlan élőhelyet, a gyűrűsférgektől az emlősökig. Sok olyan ízeltlábút ismerünk – főként hangya- (Formicidae) és szúfajokat (Bostrichidae) –, amelyek a faanyag rágásakor a hátukra ragadt fakorhasztó gombák spóráit a kirágott járat belső oldalára kenik. A megfelelő helyre „ültetett” gombaspórák kihajtanak, és a korhadás akadálytalanul folyhat. A faanyag elkorhadásából származó anyagok a gombahálózaton keresztül eljutnak az öreg fa lékjében fényhez jutott magoncokhoz, és az erdő dinamikusan magától felújul. Persze erdőgazdasági szempontból kár a kitermeletlen fatörzsért… A bükkfa-tapló termőtestének ráadásul számtalan felhasználása ismeretes, ezek pedig a már-már feledésbe merülő néphagyományt gyarapítják.

A Horog-völgy felső szakaszán kiterjedt bükkösök, gyertyános-bükkösök találhatók. Nyári, nyár végi esők után a falgyommal (Parietaria sp.), csalánnal (Urtica sp.) benőtt helyeken gyakran megjelenik az óriáspöfeteg (Calvatia gigantea). Néha 20–30 m átmérőjű boszorkánykört is alkothat, amiben akár öt-hat, futball-labda méretű fehér gömbje „várja” a hasukat szerető gombászokat. A fokozottan védett Pátrácos-völgy bükköseiben számos védett gombafaj él. Legritkább közülük a sötétedőhúsú rókagomba (Cantharellus melanoxeros), amely hazánkban ezen kívül csak néhány helyen – az Őrség, a Kőszegi-hegység, a Mátra, a Börzsöny, a Mecsek és a Pilis néhány pontján – él. Sárgásbarna trombitára emlékeztető termőtestei élénksárga pereműek, húsuk pedig sérülésre, nyomásra lassan megfeketedik. A bükkös szurdokerdő védett gombája a pikkelyes tinóru (Strobilomyces strobilaceus). Kalapját és tönkjét is szürkésfekete, gyapjas, durva pikkek borítják, amelyek közül kivillan a fehér alapszín. Csöves termőrétege és húsa nyomásra narancsosan elszíneződik, majd megfeketedik. A Pátrácos-völgy ritka, védett faja a lemezes tinóru (Xerocomus pelletieri), amelynek termőrétege nem csöves, hanem aranysárga, vaskos, hullámos, a tönkre lefutó lemezei vannak. Pusztavám mellett, a Gerencsérvár közelében is él, gyertyános-bükkösben. Az olaszgomba (Polyporus tuberaster) elhalt ágakon, tuskókon él, főként bükk (Fagus sylvatica) és gyertyán (Carpinus betulus) maradványain. Termőteste tölcséres, felülete sugarasan szálas-pikkelyes, termőrétege csöves, fehér. Ez a védett gomba a Vértesben viszonylag gyakorinak mondható.

A Csuka-tó védett területén, hatalmas bükkök (Fagus sylvatica) gyökerén él a fekete szagosgereben (Phellodon niger), hazánk igen ritka, védett gombafaja. Ezenkívül csak az Alpokalján, a Mátrában és a Budai-hegység néhány pontján található meg. Kékesfekete kalapjának alsó oldalán tüskeszerű csapok láthatók, illata pedig megszáradva a lestyánéra emlékeztet.

A Juhdöglő-völgy Erdőrezervátum területén számos igen ritka gombafaj honos, fán élő gombáit Papp Viktor mikológus évek óta kutatja. A hatalmas, öreg bükkfák (Fagus sylvatica) között jelentős mennyiségű holtfa is található, amelyek a fakorhasztó gombák széles repertoárjának adnak élőhelyet. A bükkös papsapkagomba (Gyromitra parma) kizárólag erősen korhadt, hatalmas bükktörzseken él, amelyek az ősbükkös dajkafáiként ismertek. 2010-ben sikerült először megtalálnom, ezen kívül hazánkban csupán néhány előfordulási adata van a Bükkből, szintén ősbükkösből.

A gyantás kérgestapló (Ischnoderma resinosum) fiatal példányai borszerű cseppeket választanak ki. Vörösesbarna termőtestének szegélye fehéres, termőrétege nagyon szűk csövekből áll. A Climacodon pulcherrimus nevű taplógomba hazai első (és eddigi egyetlen) ismert élőhelye a Juhdöglő-völgy. A fehér félkörös konzol felső oldala borostás-gyapjas, míg a termőrétege kefeszerű tüskékből áll; szubtrópusi elterjedésű faj, legközelebb Franciaország déli és Spanyolország északi területein fordul elő. Csodálatos látvány az kidőlt évszázados bükkök odúiból előbújó közönséges petrezselyemgomba (Hericium coralloides) hófehér, korallszerűen bokros termőteste, amely akár a 40 cm átmérőt is elérheti. A sötéttönkű fokhagymagomba (Mycetinis alliaceus) minden bükkösben gyakori, így itt is megtalálható. Termőteste erősen fokhagymaszagú, megszárítva fűszerként szokták használni. A sárgatejű kígyógomba (Mycena crocata) elhalt bükk (Fagus sylvatica) anyagán nő, tönkje megtörve narancsvörös tejnedvet ereszt. Hazánkban csak innen ismert az Aurantiporus alborubescens nevű, atlanti-szubtrópusi elterjedésű taplófaj, amelynek egész Európában is csak néhány elszórt előfordulása ismert. A Juhdöglő-völgy mikológiai értékeire igazán büszkék lehetünk, mivel az őserdő jellegű bükkösök természetességét mutató nagygomba-indikátorok fajszáma alapján egész Európa legjobb állapotú ősbükkösének tekinthető. A szakirodalomban felsorolt 21 indikátorfajból 18 megtalálható itt. Főként annak fényében érdemes átértékelni a Vértesi Natúrpark eme kincsét, hogy a mindössze 80 hektáros összterületével – mikológiai szempontból – olyan több ezer hektáros ősbükkösöket utasít maga mögé, mint pl. a Szlovákiai Rožok és Stužica, amelyek a világörökség részei.

A Mór feletti Harmatos-völgy a Csóka-hegy nyugati lábánál található mély szurdokvölgy. Öreg bükköseiben nagy mennyiségű holtfa fekszik, amelyeken elvétve előfordul a bársonyos csengettyűgomba (Pluteus umbrosus). Hazánkban csak néhány előfordulása ismert, kizárólag háborítatlan, öreg bükkösökből. A tüskés sörénygomba (Hericium cirrhatum) szintén a terület ritka, védett faja, szabálytalan alakú termőtestének alsó oldalán a termőréteg hosszú tüskékből áll. Korhadó bükk (Fagus sylvatica), gyertyán (Carpinus betulus), esetleg tölgy (Quercus sp.) faanyagán jelenik meg. Élőhelyein leginkább az intenzív erdőgazdálkodás veszélyezteti. Az elmúlt 12 évben legalább 650-szer jártam a vértesi erdőkben, ahol kiemelten szoktam figyelni és keresni a ritka gombafajokat, de a fenti két fajjal mégis csak kétszer sikerült találkoznom.